系统发育网络分析方法是用于构建近缘物种或居群内个体间的遗传关系，进而可以重建它们的演化（历史）关系。虽然RNA病*的基因组具有较高的突变速率，不过短时间内累积的突变有限，通过系统发育网络分析能很很好地重建*株之间的遗传关系。年12月，在湖北武汉爆发一种由新型冠状病*（SARS-CoV-2）引发的肺炎疫情（COVID-19），确定华南海鲜市场是不是唯一的发源地，对于寻找病*的来源，以及确定中间宿主，对疫情的控制和避免再次疫情爆发具有至关重要的意义。
我们基于GISAIDEpiFluTM数据库中覆盖了四大洲16个国家的个新型冠状病*样本的基因组数据（截止3月7日采集早于2月3日），进行了病*演化分析，并重建了病*的传播历史及扩散路径。得到以下主要结果和结论：1）新型冠状病*基因组在早期两个月变异属于“随机性”突变，尚未发生重组事件；2）新型冠状病*在2月之前检测到2次明显的种群扩张：12月8日（海鲜市场相关）和1月5日（元旦假期相关）；3）基因组数据分析印证了华南海鲜市场的新型冠状病*是从其他地方传入的，然后发生快速的人际传播并，扩到市场之外，在传入海鲜市场以前，在12月初或者11月中下旬可能已经存在人际传播；4）谱系流行病学：单倍型演化网络关系分析方法可以结合到传染病学研究中，对于寻找传染源，以及精确的传播和扩散方向能提供非常重要的信息。
为什么要解读这项研究？
年2月19日，我们基于GISAIDEpiFluTM数据库中覆盖了四大洲12个国家的93个新型冠状病*样本的基因组数据（截止2月12日）的研究结果在ChinaXiv预印版平台首次发表，其研究报道在我们中科院版纳植物园研究进展栏发布后（